In Sachsen-Anhalt führten Anfang Juni Saale, Unstrut, Weiße Elster, Mulde, Elbe und Havel Hochwasser. Viele Gebiete rund um die Saale wurden überflutet (Halle, Zeitz, Merseburg, Weißenfels, Naumburg, Bernburg). Der Saalepegel übertraf mit mehr als acht Metern in Halle-Trotha die bisherige Höchstmarke. Tausende Menschen mussten ihre Wohnungen verlassen.
Entlang der Elbe wurde Katastrophenalarm ausgelöst, in Magdeburg wurde ein neuer Höchststand erreicht. Zugverbindungen von Magdeburg und Stendal nach Berlin wurden unterbrochen, weil die Strecken über die Elbe nicht mehr passierbar waren. In Klein Rosenburg brach vor den Toren Magdeburgs ein erster Deich, tausende Menschen östlich der Elbe wurden vorsorglich evakuiert.