Rasend schnell verbreiten sich die Thesen Luthers im Land. Auch der junge Pfarrer Thomas Müntzer (Wolfgang Stumpf) ist davon begeistert. Zu jener Zeit lernt er als Beichtvater in einem Nonnenkloster Ottilie von Gersen (Margarete Taudte) kennen, seine spätere Frau. 1523 tritt er in Allstedt (heute im Landkreis Mansfeld-Südharz) eine Pfarrstelle an. Wie überall sind auch hier die Bauern mit ihrer Situation unzufrieden. Thomas Müntzer mischt sich ein, als der Bauer Hans Buss (Heinz Gies) verhaftet werden soll, der nur seine Schwester Bärbel (Ruth Maria Kubitschek) verteidigt hat. Der Graf von Mansfeld (Gerhard Bienert) hört erstmals den Namen Thomas Müntzer.

Wenig später hält Müntzer vor begeisterten Massen eine Predigt in Deutsch. Die Bauern zerstören, von seinen Worten aufgewiegelt, Heiligenbilder, brennen eine Kirche nieder und greifen die Soldaten des Mansfelder Grafen an. Die Rädelsführer werden verhaftet. Müntzer folgt nicht länger Luther, der einen Aufruhr ablehnt, er sieht einen Kampf als unumgänglich. Als Symbol für das Bündnis, das Thomas Müntzer künftig anführen wird, näht seine schwangere Frau eine Fahne mit einem Regenbogen.

Kurz darauf wird Müntzer vom Kurfürsten Johann von Sachsen (Friedrich Richter) aufgesucht. Die neugierigen Fürsten möchten, dass er ihnen predigt. Als Müntzer in seiner Predigt jedoch die Fürsten heftig ermahnt, den Bauern nachzugeben, reisen sie ab und bestrafen die verhafteten Bauern. Müntzer flieht mit dem Schwabenhannes (Wolf Kaiser), einem schwäbischen Bauern, aus Thüringen nach Süddeutschland.

Doch von Heimweh geplagt, eilt Müntzer zurück, als ihn Heinrich Pfeiffer (Martin Flörchinger) nach Mühlhausen ruft. Hier kommt es erneut zu Kämpfen, bei denen viele Bauern sterben. Die Fürsten sind bereit, die Aufständischen zu begnadigen, wenn sie ihnen ihren Anführer ausliefern. In Frankenhausen kommt es zur entscheidenden Schlacht.

"Thomas Müntzer" wurde in der Rekordzeit von 83 Tagen in Quedlinburg gedreht. Der Monumentalfilm war eine der aufwendigsten und teuersten DEFA-Produktionen ihrer Zeit. Neben 169 Schauspielern wirkten 5000 Kleindarsteller, darunter hunderte Volkspolizisten, mit. Der Film wurde 1956 uraufgeführt. 17 Jahre später beschloss das DDR-Kulturministerium, dass er anlässlich des 450. Jahrestages des Bauernkrieges erneut eingesetzt werden sollte.

Wegen der veränderten politischen Situation nach dem Mauerbau sollten allerdings Szenen herausgeschnitten werden, die einen gesamtdeutschen Bezug hatten: schwarz-rot-goldene Fahnen, Gespräche "vom großen Zug übern Neckar und Rhein" und Botschaften wie "Ihr müsst den Brüdern überm Main die Hand reichen. Ganz Deutschland muss ins Spiel kommen." Regisseur Martin Hellberg musste seinen Film um fast ein Viertel kürzen, bevor er ab Oktober 1974 wieder in den DDR-Kinos eingesetzt wurde.

2017, zum Reformationsjubiläum hat die DEFA-Stiftung nun die Ursprungsfassung des Films aufwendig rekonstruiert. Dabei hatten es die Restauratoren nicht nur mit den politischen Schnittauflagen zu tun, sondern auch mit einem unvollständigen Originalnegativ.

Mitwirkende
Musik: Ernst Roters
Kamera: Götz Neumann
Buch: Martin Hellberg
Regie: Martin Hellberg

Darsteller
Thomas Müntzer: Wolfgang Stumpf
Ottilie von Gersen: Margarete Taudte
Schwabenhannes: Wolf Kaiser
Heinrich Pfeiffer: Martin Flörchinger
Markus Stübner: Wolfgang Kaehler
Hans Buss: Heinz Gies
Bärbel Buss: Ruth Maria Kubitschek
Bauer Barthel: Albert Garbe
Frau Barthel: Maly Delschaft
Veit, ein Bergknappe: Hansjoachim Büttner
Gerber Martin: Jochen Diestelmann
Apel Wynmeister: Hans W. Hamacher
Frau Wynmeister: Doris Thalmer
Graf Ernst von Mansfeld: Gerhard Bienert
und andere